尖锐湿疣诊断主要依据传染病史、尖锐湿疣发病部位、临床表现、临床试验及实验室相关检查来确定。对大多数病例，根据尖锐湿疣的发病部位及典型临床症状则不难做出诊断。对少数病例需要进一步临床试验和实验室检查来确诊。
尖锐湿疣临床表现在检查过程中要仔细观察损害分布、形态、大小、颜色、表面情况等。尖锐湿疣特征性损害是典型的菜花型损害，颜色鲜红、淡红或少数呈污灰色，病变组织脆、擦拭后容易出血，即使是非特征性损害，其损害表面多呈疣状外观、不光滑、或呈颗粒状突起。
检查是否有不洁性史性交是尖锐湿疣传播的一个很必要途径。自检尖锐湿疣一点要了解性伙伴有无尖锐湿疣及其有无其他性病以及性活动方式，如是否口交、肛交等。尖锐湿疣患者多有异常或非婚姻性生活史或有与尖锐湿疣患者、HPV感染这性接触或共用毛巾、衣物、盆等物品的病史。
检查尖锐湿疣好发部位尖锐湿疣好发部位是男女性外生殖器以及肛门部位。一些特殊部位如口腔、咽喉部等部位的尖锐湿疣病变在特殊人群中应注意。
在检查尖锐湿疣病变部位过程中，不要只检查患者所述病变部位，而且要对患者进行较全面的检查，如在检查肛门部位的同时也应检查外阴部位，以及对有特殊性活动方式者进行口腔、咽喉等部位的检查。
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