尖锐湿疣应与生殖器癌、扁平湿疣、假性湿疣、生殖器鲍温样丘疹病及珍珠样丘疹等疾病相鉴别。（1）生殖器癌：多见于40岁以上的人，无不洁性交史，损害浸润明显，浸润性的结节肿块，质坚硬、边界不清，鳞状上皮瘤有明显的向深部浸润，常形成溃疡，溃疡基底坚硬，分泌物恶臭，易出血，病理活检可确诊。而尖锐湿疣一般呈乳头状生长，病变浅表，很少浸润面。（2）扁平湿疣：是二期梅毒的一种皮损表现。扁平湿疣多发生于肛周及外生殖器周围，呈浸润性的扁平隆起斑块或丘疹，可有密集颗粒呈乳头状、菜花状、基底宽，无蒂，表面灰白且有许多分泌物，疣面潮湿、光滑。取分泌物作暗视野显微镜检查可找到梅毒螺旋体，梅毒血清反应为强阳性。（3）假性湿疣：又称女性绒毛状小阴唇。其为一种良性乳头瘤，常见于青年女性。皮疹特点主要发生于女性小阴唇，特别是小阴唇内侧和阴道前庭，在成年女性的小阴唇内侧上出现鱼卵状或细小绒毛状、排列规则的增生物，呈对称密集分布（偶有不对称）的直径1~2mm的白色或淡红色小丘疹，表面光滑，宛如鱼卯，亦与些呈息肉状，均匀分布，互不融合，长期不变，无明显自觉症状，偶有瘙痒。醋酸白试验阴性。组织病理检查见表皮角质层轻度灶性角化不全、棘层不规则增厚，表皮细胞胞浆丰富，淡染，未见空泡化，真皮浅层毛细血管扩张、充血、周围有稀疏炎症细胞。假性湿疣与尖锐湿疣是有区别的，简单的说，尖锐湿疣是性传播疾病中的一种，而假性湿疣却不是。尖锐湿疣患者多有性乱史；而假性湿疣病人，有的并无性乱史，有些连性生活史也没有，已婚患者不会传染给配偶。假性湿疣多见于性成熟的女性，多发生在18-38岁，尤以20-30岁为多见；尖锐湿疣则在各年龄段均可发生。假性湿疣病人的外阴瘙痒感轻或无，严重者可有感染，白带可以增多，患者多数不清楚皮疹出现的时间；尖锐湿疣病人的外阴瘙痒感明显，并有疼痛感，白带增多有腥臭味，糜烂者可发生出血并有疼痛感。假性湿疣患者的皮肤损害多见于小阴唇内侧；其皮肤的病变主要有两种类型：一种是群集的、融合的、表面光滑、淡红色的鱼子状皮疹，触之有细颗粒感；另一种是均匀分布的、小的绒毛状皮疹，呈淡红色或浅白色、触之如绒毡样，柔软；此病还可以出现息肉样皮疹。尖锐湿疣患者的病变多见于小阴唇、前庭、大阴唇、肛门周围、宫颈、阴道等处，主要表现为：小疣状、乳头状、菜花样表皮角化或浸溃发白，常有蒂相连。除上述不同处，尖锐湿疣与假性湿疣的鉴别及确定诊断，可依靠病理学检查，应用快速敏感及特异性很高的聚合酶链式反应，尖锐湿疣的阳性率可达80%左右。当真性和假性尖锐湿疣鉴别困难时，可用HPV-DNA原位分子杂交进行鉴别，此法是目前一种敏感性和特异性很高的鉴别手段，阳性率可高达90%以上。需要指出的是，假性湿疣患者一般不需要治疗。研究表明，这种病在正常人群中发病不在少数，从病程进展看，假性湿疣病变无明显变化，也就是说，其发展有自限性，至今尚未见到此病患者有什么不良后果。而且，此病患者的性伴侣不会被传染。（4）生殖器鲍温样丘疹病（Bowenoidpapulosisofthegenitalis）：本病较少见，在病理上很像鳞状细胞原位癌（鲍温病），主要与人类乳头瘤病毒16、18型感染有关。表现为生殖器部位多发性紫色或棕红色小丘疹，直径2~10mm，单个或多个，可融合成斑块，损害位于男性龟头、阴茎干和女性的肛周及阴唇等部位，多见于40岁以下活跃的人群。临床上很像尖锐湿疣，但组织学上类似鲍温病的改变。无自觉症状或有微痒。病理活检可确诊。损害可自行消停。（5）阴茎珍珠状丘疹（pearlypenilepapules）:发生于男性冠状沟的一种良性上皮增生，为环绕阴茎冠状沟的小珍珠状丘疹，呈小珍珠状，圆锥状、半球状或不规则形，半透明，表明光滑发亮，米粒大小，直径约1-2mm，沿冠状沟排列一行或数行，均匀排列，大小一致，互不融合，长期不变，无传染性，无自觉症状。发病率占男性的10%。（6）皮脂腺增生和异位：为皮脂腺的异常发育和增生。多见于女大小阴唇、男性包皮，包括阴茎或阴阜部位，皮损为芝麻大或米粒大的淡黄色结节丘疹，群集分布，不融合，无重叠生长，无自觉症状。（7）传染性软疣：由传染性软疣病毒所引起。皮疹特点为半球状隆起的丘疹，不融合，表面皮色、光滑有蜡样光泽，中央脐窝状，成熟的皮损可从中央挤出凝乳状的软疣小体。有传染性。（8）系带旁腺增生：发生于男性阴茎系带两侧，为对称单个芝麻大或针尖大的丘疹，粉红色，无自觉症状，长时间不增大。（9）处女膜肥厚增生：见于未婚或已婚青年女性，处女膜增厚过长，常露出小阴唇外，病人自觉不适，有异物感或伴瘙痒。（10）外阴汗管瘤：为外阴汗管增生性丘疹，半球形，中等硬度，不融合，常伴有瘙痒。
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